Trudny technicznie, ważny diagnostycznie – ekson ORF15 genu RPGR w zwyrodnieniu barwnikowym siatkówki

Celem pracy jest identyfikacja podłoża genetycznego zwyrodnienia barwnikowego siatkówki w polskiej rodzinie, w której wcześniej wykluczono udział większości znanych genów związanych z chorobą oprócz eksonu ORF15 genu RPGR (Xp21.1). ORF15 to region DNA trudny do analizy z uwagi na powtarzalne fragmenty sekwencji, wysoką zawartość zasad purynowych i dużą liczbę wariantów polimorficznych. Materiał do badań stanowiło genomowe DNA wyizolowane z krwi obwodowej od członków badanej rodziny (n=9). Ekson ORF15 amplifikowano w reakcji łańcuchowej polimerazy do długich matryc i sekwencjonowano metodą następnej generacji. Wykrytą zmianę potwierdzano poprzez bezpośrednie sekwencjonowanie metodą Sangera amplikonu obejmującego miejsce mutacji. W obszarze ORF15 wykryto delecję NM_001034853:c.2899delG (p.E967Kfs*122), która w pełni segregowała z chorobą w badanej rodzinie. Zidentyfikowana zmiana ma charakter patogenny i już wcześniej powiązano ją z występowaniem zwyrodnienia barwnikowego siatkówki. Szacuje się, że ponad połowa mutacji identyfikowanych w genie RPGR umiejscawia się w obszarze ORF15. W rodzinach, w których podejrzewa się dziedziczenie zwyrodnienia barwnikowego siatkówki sprzężone z chromosomem X, oraz u mężczyzn z negatywnym wywiadem rodzinnym w kierunku tej choroby badania genetyczne należy rozpoczynać od poszukiwania mutacji w ORF15.

The aim of the study was to identify the genetic background of retinitis pigmentosa in a Polish family with previously excluded involvement of the majority of known genes for this disease, except for the ORF15 exon in the RPGR gene (Xp21.1). ORF15 is a highly repetitive, purine-rich DNA region with a number of different polymorphic variants and thus difficult to study. Genomic DNA was isolated from peripheral blood of the family members (n = 9). ORF15 exon was amplified in a long-range polymerase chain reaction and sequenced using the next generation method. Presence of the identified variant was confirmed by direct Sanger sequencing of the amplicon encompassing the mutation. The NM_001034853:c.2899delG (p.E967Kfs*122) mutation was detected in the ORF15 region. It completely segregated with the disease in the studied family. The identified alteration is pathogenic and has already been found to cause retinitis pigmentosa. It is estimated that more than a half of RPGR mutations are located in the ORF15 region. In families with a suspected X-linked inheritance of retinitis pigmentosa and in males with a negative family history of the disease, genetic tests should begin with an analysis of the ORF15.